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생명과학 연구 도구 및 서비스 제공업체 진스크립트 바이오테크(이하 진스크립트)는 유전자 발현 향상을 위한 기존 알고리즘을 최신 기술을 활용해 'GenSmart™ Codon Optimization(진스마트 코돈 최적화)’을 업데이트, 서비스를 본격 개시한다고 16일 밝혔다.
Codon Optimization은 무료로 제공되는 사용자 친화적인 온라인 도구로, Prokaryotic과 Mammalian 발현 시스템에서 높은 발현을 위해 wild type 또는 Recombinant 유전자 서열을 최적화할 수 있다. 특히 ‘인구 면역 알고리즘’을 기반으로 새롭게 디자인된 알고리즘이 사용된다.
진스크립트는 이 접근 방식에서 유전 인구학과 면역학 이론을 활용하고 있다. 이를 통해 GC 함량, codon 사용량 및 content index, RNase splicing site, cis-acting mRNA destabilizing motifs 포함한 유전자 발현에 관여하는 200여개 이상의 요인을 스크리닝하고 검증할 수 있다. 단일 요인 시뮬레이션을 적용하는 대신, 특정 대상 유전자 서열의 모든 주요 요소가 중요하도록 다중 요소 접근 방식이 채택됐다. 결과적으로 각 유전자 최적화는 기능적이고 활성화된 단백질을 얻을 가능성을 극대화하기 위해 고객 맞춤형으로 업그레이드됐다.
Codon Optimization은 접근성이 높고 사용자 친화적인 것이 강점으로 평가받고 있다. 진스크립트 관계자는 “Codon Optimization은 모든 매개 변수가 알고리즘에 통합돼 있으며 사용자로부터의 입력이 필요하지 않다”면서 “필요한 것은 사용자의 서열과 타깃 호스트 생물만 있으면 되며, 나머지는 최적화 도구가 처리한다”고 말했다. 이어 그는 “게다가 최적화된 서열은 ‘GenSmart™ Instant Quote System’을 통해 쉽게 주문하거나 향후 사용을 위해 보관할 수 있다”고 강조했다.
한편 GenSmart™ Codon Optimization은 CHO, human, E.coli, T cell, yeast, Insect, Arabidopsis, Maize, Rice, Soybean, Fruit fly 등을 포함한 50여개 호스트 생물에 적용할 수 있도록 업그레이드됐다.
박병우 기자 bwpark0918@pharmstock.co.kr
